METAFLORE : L’actualité autour du projet (3/3) - Biova

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Les travaux cités précédemment ont permis de déterminer la flore mycologique et bactériologique de semences agricoles mais dans le cadre de recherche. L'objectif de cette étude, était de déterminer l'évolution de cette flore au cours du processus de germination, pour tenter d'expliquer l'importance de la flore épiphyte pour la germination des graines dans de bonnes conditions. Ce que nous retenons de cette étude, c'est que l'approche de métagénomique est adaptée à l'étude la flore totale de semences.

 

Au niveau des acteurs important de la phytopathologie, il est à noter que le GEVES a organisé des colloques et au cours de ceux-ci la thématique du diagnostic de maladies par le séquençage est souvent abordée . Le GEVES (Groupe d'Etude et de contrôle des Variétés Et des Semences) est un groupement d'intérêt public, organisme officiel unique en France assurant l'expertise sur les nouvelles variétés végétales et l'analyse de la qualité des Semences. Il est constitué par l'INRA, le Ministère en charge de l'Agriculture et le GNIS.

 

D'autre part, l'INRA tout comme d'autres grands centres en Europe s'efforce actuellement de mettre au point des bases de données (ADN) de référence, spécifiquement pour les pathogènes d'importance agronomique. Ceci est rendu possible par les collections importantes de pathogènes, à disposition de ces grands instituts et de leurs coopérations, pour l'échange de matériels biologiques ou de résultats de séquençage.

 

Fin 2017, l’OEPP (Organisation Européenne pour la Protection des Plantes) en partenariat avec les programmes européens EUPHRESCO et COST a organisé une rencontre de 2 jours sur l’utilisation du séquençage NGS pour la détection des pathogènes des plantes . Ce fut la 1ère rencontre d’une telle ampleur sur ce sujet au cœur de notre projet. Au niveau des chiffres, 147 participants de 45 pays étaient présents, 20 présentations, 20 posters, 6 groupes de travail, une session de Brainstorming, et 2 conclusions ont émergées sous la forme d’actions décidées :

  • Rédaction d’un livre blanc à l’usage des décideurs et des personnes en charge de définir et gérer les risques liés au commerce international de matériels végétaux et à la propagation de maladies des plantes. Ce rapport soulignera le potentiel et l’importance des approches par séquençage NGS pour la détection des pestes végétales.
  • Rédaction d’un guide technique de recommandations à destination des laboratoires de phytopathologie désirant appliquer le séquençage NGS à la détection de pathogènes végétaux.

 

En 2018, à son tour, l’International Plant Protection Convention (IPPC) s’est intéressée au potentiel du séquençage HTS (High Throughput Sequencing) comme outil pour la détection des parasites de quarantaine des végétaux. La Commission des mesures phytosanitaires (CMP) a déclaré « « ces technologies devraient faire l’objet d’une réflexion ultérieure avant d’être considérées comme la seule méthode de détection des organismes nuisibles ». Néanmoins, une manifestation parallèle de la CMP a eu lieu sur le séquençage et les technologies moléculaires.

 

La CMP a de plus pris note des problèmes associés à l’utilisation du NGS en tant qu’outil de diagnostic à des fins phytosanitaires (trop de résultats positifs pourraient-ils bloquer le commerce international des semences et des plants ?) et décider de rédiger des recommandations pour l’utilisation de ces technologies. Lors de cette instance de la CMP, les représentants de l’UE ont suggéré la mise au point de 3 « pipelines » d’analyse métagénomique (bactérie, champignons, virus) développés par les experts de ces domaines en raison des différences de structure des génomes de ces types d’organismes. L’UE a aussi insisté sur le potentiel énorme de la métagénomique pour la détection des pathogènes non-cultivables.

 

L’International Seed Federation (ISF), quant à elle, s’interroge:
 

What does one do with sequences that do not match? (Que faire de séquences qui ne s’apparentent à aucune autre dans les bases de données ?)


Le travail de tous ces panels d’experts et décideurs révèle un fait marquant. La métagénomique est désormais perçue comme une approche très prometteuse pour la détection des pathogènes de plantes. Cependant notre situation particulière, c’est-à-dire celle d’un laboratoire travaillant pour des semenciers exportant des semences vers des pays où les dangers sanitaires sont différents des nôtres, ne nous permet pas de nous appuyer seulement sur les travaux mentionnés plus haut. C’est ce qui fait l’intérêt du projet METAFLORE, que ce soit au niveau technique et au niveau politique : nous serons en mesure de produire des résultats de qualité et ceux-ci pourront être reconnus par les autorités officielles.

 

Sources:

News Labo

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